Historia kolonizacji tych terenów przez człowieka rozpoczyna się prawdopodobnie przed 350 000 lat – początkowo byli to – w okresie kamiennym – łowcy mamutów i niedźwiedzi jaskiniowych, następnie w VI – V wieku p.n.e. ludy rolnicze.

Ok. 2000 r. p.n.e. obszar Czeskiego Raju został skolonizowany przez kulturę pól popielnicowych; lud ten budował grody warowne (Mužský, Prachovské skály, Klamorna). Ok. IV w. zasiedlili południową część obszaru Celtowie, a w ostatnim wieku p.n.e. stopniowo wypierani byli przez Germanów. Po ich odejściu w okresie wędrówek ludu przybyli tu Słowianie, a konkretnie Chorwaci, którzy znów odnowili stare grodziska w Prachovskich skalach, na szczycie Mužsky itd.

W X wieku tereny te stają się własnością dynastii Przemyślidów, którzy przydzielają je rodowi Markvarticów. Ród ten stopniowo rozrasta się w długi szereg odgałęzień: Waldsteinowie, Wartembegowie, Michalovicowie, Lembergowie, którym obszar zawdzięcza większość swych zabytków kultury. Po wojnach husyckich, których efektem było spłonięcie szeregu klasztorów, zamków i miast, zaczęła się umacniać pozycja szlachty, założono wiele miast, hut szkła, metali oraz kuźni, rozwinęło się wydobycie rudy żelaza. Następuje powstanie stanów czeskich na terenie Czeskiego Raju i Podkrkonoší. Uczestniczyli w nim między innymi Albrecht Jan Smiřický, Jáchym Ondřej Šik, Václav Budovec z Budova, Matyáš Thurn oraz władca Pecki Kryštof Harant z Polžic a Bezdružic.

Po powstaniu większość skonfiskowanych majątków dostała się w ręce Albrechta z Waldsteinu. Jako centrum nowych swych dzierżaw wybrał on Jičín, z którego zapragnął zrobić prawdziwy ośrodek edukacji i władzy. W okresie wojny 30-letniej oraz po śmierci Waldsteina cały obszar został zupełnie spustoszony.

Po raz drugi obszar Czeskiego Raju oraz Podkrkonoší zniszczony został około 200 lat później, w okresie wojny prusko – austriackiej, której bitwy odbywały się na przykład pod miastem Mnichovo Hradiště, pod Kostą, Jičínem i Turnovem.